Tugas 2 (Edman)

Reaksi :

Identifikasi Deret Fragmen Peptida

Deret asam amino tiap-tiap fragmen peptida yang dihasilkan dari tahap 3 lalu diidentifikasi. Suatu metoda kimia yang disusun oleh Pehr Edman biasanya dipergunakan untuk tujuan ini. Prosedur degradasi Edman mencirikan dan mengeluarkan hanya residu terminal amino dari peptida dan membiarkan semua ikatan peptida yang lain tertinggal utuh. Setelah pengeluaran dan identifikasi residu terminal amino dengan metode ini, residu terminal amino yang baru terbentuk ini sekarang dapat dicirikan dan dipisahkan dengan mengulang rangkaian reaksi yang sama. Dengan cara residu ke residu degradasi Edman dapat menghasilkan semua deret asam amino dari suatu peptida dengan menggunakan hanya satu contoh.
Peptida, pertama-tama direaksikan dengan fenilisotiosianat, yang bergabung dengan gugus amino bebas dari residu terminal amino. Perlakuan peptida ini dengan asam encer dingin, memisahkan residu terminal amino dan mengubahnya menjadi turunan feniltiohidantoin, yang sekarang dapat diidentifikasi dengan prosedur khromatografi. Sisa rantai peptida tetap tertinggal utuh. Peptida yang lebih pendek sekarang dapat masuk siklus reaksi yang sama, yang menghasilkan identifikasi residu terminal amino yang baru. jadi, melalui pengurangan ini, deret asam amino dari peptida yang mempunyai 10-20 residu pengurangan ini, sekuens asam amino dari peprida yang mempunyai 10-20 residu dapat ditentukan dengan mudah.
Semua fragmen peptida yang dihasilkan dari kerja tripsin ditentukan urutannya dengan cara ini. Sekarang, kita tinggal menentukan bagaimana fragmen tripsin disusun didalam rantai polipeptida semula.

Diantara reaksi gugus aminoyang sangat penting adalah reaksi yang ditemukan oleh Edman. Dia telah mencoba memodifikasi reaksi isotianat dengan amina demikian rupa sehingga modifikasi ini dapat dipakai untuk degradasi rantai polipeptida dan untuk identifikasi terminal –NH₂ pada peptida. Dalam prosedur edman ini, fenilisotiosianat bereaksi dengan α-asam amino membentuk asam amino feniltiokarbamoil. Jika diberi larutan nitrometan, asam amino feniltiokarbamoilberubah menjadi bentuk siklik yaitu feniltiohidantoin. Senyawa ini tidak berwarna, dapat dipisahkan dengan mudah dan kemudian diidentifikasikan dengan kromatografi. Reaksi edman sering digunakan untuk identifikasi terminal NH₂ asa amino suatu polipeptida.

Pada metode degradasi Edman, residu pada ujung-N (ujung amino) protein dipotong satu per satu dengan reaksi kimia. Setelah setiap pemotongan, residu asam amino yang telah dipotong tersebut dapat diidentifikasi menggunakan kromatografi. Prosedur tersebut diulangi untuk setiap residu asam amino. Kelemahan metode ini adalah bahwa polipeptida yang di-sekuensing tidak dapat lebih panjang dari 50–60 residu (dapat disiasati dengan memotong-motong polipeptida berukuran besar menjadi peptida-peptida berukuran lebih kecil sebelum dilakukan reaksi).